金融工程实验室于2014年11月经江苏省教育厅批准成立为江苏省高校重点实验室，2021年2月以良好通过验收，2024年1月根据江苏省教育厅要求，进行了优化重组。依托南京审计大学金融学、统计学、计算机科学、经济学等学科，实验室面向国家和区域经济与金融发展需求，在原有实验室基础上优化重组，聚焦金融大数据与风险控制、数字经济变革的金融风险管理、金融审计与金融监管创新、金融理论与货币政策创新四个具体科技问题。在前期建设中，实验室形成了鲜明的金融学科优势，坚持“创新与安全”并重的科研导向，创新“金融+审计”国际化人才培养模式，为实验室优化重组目标的实现提供了基础和支撑。
实验室组建了金融理论与货币政策、金融大数据分析与风险控制、数字经济变革下的金融风险管理、金融审计与金融监管四个方向团队，团队成员64人，其中研究人员45人，实验技术人员12人，管理人员7人；高级职称40人、中级职称24人，具有博士学位教师61人，博士生导师4人，硕士生导师30余人，汇聚了享受国务院特殊津贴专家、江苏省教学名师、江苏省“333高层次人才、江苏省有突出贡献的中青年专家、江苏省六大人才高峰高层次人才、江苏省高校“青蓝工程”优秀青年骨干教师等国家级、省级人才18人，科研实力雄厚。
近三年，实验室成员在《管理世界》《经济学（季刊）》《Discrete Mathematics》《International Review of Financial Analysis》《Applied Mathematics and Computation》等国内外顶尖刊物上发表论文200余篇，其中被SSCI、SCI等收录40余篇。实验室成员主持科研项目70余项，其中国家基金项目15项，省部级课题8项，纵向科研经费1100余万元；为地方经济社会服务项目20余项，经费超过800万元。获省部级以上科学研究成果奖4项。实验室成立以来举办全国性学术交流会议3次，教师参加国内外学术交流40余人次。
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